Água

Sharon, inconscientemente, seguindo sua programação, destrói o depósito de água da Galactica. Esforços desesperados são feitos para achar reservas naturais em planetas. Em Caprica, Helo foge dos cylons com a ajuda da outra Sharon, sem saber que ela não é a Boomer de Galactica. Logo se percebe que a presença da cylon ginóide faz parte de um plano para envolver Helo.

O Dia da Bastilha

A difícil extração de água em uma lua coberta de gelo leva Adama a enviar Lee para a nave de prisioneiros Astral Queen, com o propósito de recrutar voluntários. Mas Tom Zarek, um famoso ex-terrorista e líder dos prisioneiros, assume o comando, prende Lee e chantageia Adama e Roslin para que se façam eleições livres. Lee acaba concordando com a necessidade de um governo legítimo.

Ato de Contrição

Um acidente mata muitos pilotos, e Kara é incumbida de treinar civis para substituí-los, o que lhe traz lembranças dolorosas e a faz tomar decisões contestadas pelos seus superiores. Ela se culpa pela morte de Zak, o irmão de Lee, que ela aprovou no teste de piloto sem que ele tivesse capacidade. Ao treinar os calouros, ela arrisca a vida para salvá-los de um ataque cylon repentino e cai em um planeta, juntamente com o raider que abateu.

Você Não Pode Voltar para Casa

Kara está na superfície do planeta e Adama, assim como Lee, não mede esforços para resgatá-la, mesmo contra a vontade da Presidente. Em uma estratégia brilhante e desesperada, Kara aprende a pilotar o raider, que é em parte biológico, e retorna salva à Galactica. Em Caprica, Sharon desaparece após um ataque de centuriões.

Girrasol

Um tribunal se reúne para investigar a presença de agentes cylons na frota após um ataque suicida com uma bomba. É uma autêntica caça às bruxas, Adama e Laura se viram forçados a revelar que os cylons agora são humanoides e o medo se espalhou pela Galactica. Até mesmo Adama é suspeito de ter facilitado o ataque com o homem-bomba e é chamado para depor. Na realidade, Tyrol e Boomer estavam se encontrando na hora do atentado e foram acobertados pelos outros agentes de manutenção. Um deles assumiu ter deixado uma escotilha aberta e foi preso por negligência. Arrependido, Tyrol acaba seu relacionamento com Sharon. Em Caprica, a outra Sharon prossegue em seu plano de fazer Helo se apaixonar por ela.

Seis Graus de Separação

Baltar é acusado de ser um cylon, mas depois é inocentado. Helo e Sharon continuam fugindo dos cylons em Caprica.

Carne e Osso

Kara sofre uma crise de culpa quando lhe ordenam que torture um cylon, conhecido como Leoben, para saber onde ele escondeu uma bomba atômica na frota. O agente cylon foi descoberto em uma das naves da frota e joga com Kara durante o interrogatório. Ele lhe diz que possui uma alma e que ela conduzirá a frota para a Terra. Kara também joga, utilizando-se do medo que ele tem de não ser como os humanos e não encontrar Deus após a morte. Laura intervém no jogo entre os dois e manda que joguem Leoben no airlock após induzi-lo a confessar que não existe uma bomba, mas antes de morrer, ele lhe diz que Adama é um cylon. Percebe-se que isso desconcerta a Presidente, o que se explica por sonhos que ela teve com o próprio agente cylon antes que o encontrassem. Várias das premonições anunciadas durante o episódio terão repercussões no decorrer da série. Em Caprica, Sharon consegue seduzir Helo e faz sexo com ele; na Galactica, Boomer se submete a um exame e Baltar descobre que ela é uma cylon, mas guarda segredo.

Tigh Subindo, Tigh Descendo

A Galactica é atacada e Adama desaparece, causando rumores sobre ele mesmo ser um cylon, o que na verdade já havia sido insinuado a Laura pelo cylon infiltrado. Adama reaparece e traz consigo Ellen, a esposa do Coronel Tigh, que havia se escondido em uma das naves da frota após o ataque às colônias. A pedido da Presidente, ambos são testados por Baltar, cujo detector de cylons está finalizado.

A Mão de Deus

A frota está ficando sem combustível quando um asteroide contendo Tylium é encontrado pelo Raptor de Boomer e Crash. Os Cylons montaram uma refinaria no local e Adama decide lançar um ataque. Kara ajuda a planejar o ataque, mas não pode participar da operação porque ainda não se recuperou do ferimento sofrido no joelho após ter sido abatida. Lee toma o lugar dela como líder da esquadrilha e com grande habilidade consegue explodir a refinaria, afastando os cylons.

Dia da Colonia

Eleições presidenciais forçadas por Zarek na rebelião da Astral Queem são iminentes e ele aproveita para se lançar como líder político. Zarek é eleito representante de seu mundo e se candidata a Vice-Presidente, já que não existe alguém nesse cargo. Laura, em uma manobra política, indica Baltar como seu vice e ele ganha a eleição graças à sua popularidade.

Último Brilho de Kobol

A Galactica descobre Kobol. Laura insiste na sua visão mística e propõe que Starbuck vá à Caprica para trazer a Flecha de Apollo, com a qual será possível descobrir a localização da Terra se aquela for inserida em um templo de Kobol. Kara descobre que o comandante não sabe onde fica a Terra e parte em busca do artefato mitológico. Enquanto isso, uma missão de reconhecimento é atacada por cylons no planeta Kobol.

Último Brilho de Kobol, parte 2

Adama prende Laura e seu filho Lee, que se colocou do lado dela. Em Caprica, Kara encontra a flecha e também Helo e Sharon, que confessa estar grávida. Em Kobol, a equipe sobrevive à queda do raptor e Baltar, induzido por Six, tem uma visão de si como protetor da "nova geração dos filhos de Deus". A programação de Boomer é ativada e ela dispara um tiro no peito de Adama.